En 1313, la communauté des Antonins rachète le site à l’abbaye de Murbach et y fonde un couvent. La mission des moines était l’accueil des malades, particulièrement ceux souffrant du « Mal de St Antoine » ou ergotisme. Le rayonnement de la préceptorerie d’Issenheim couvrait toute l’Europe occidentale.
Grâce à l’hygiène, la nourriture saine et le saint-vinage, dont malheureusement nous n’avons plus la recette, les moines soignaient les populations à travers les siècles
jusqu’à la Révolution Française. Il nous reste les quatorze plantes utilisées pour ce saint-vinage sous forme d’un bel herbier. L’espace muséographique évoque, avec une formidable présentation, toute cette belle période. Vous y êtes les bienvenus !

Entre 1512 et 1516, le Précepteur de la communauté Guido Guersi commanda à Mathias Grünewald, le chef-d’œuvre de son parcours artistique : le Retable d’Issenheim. Cette œuvre majeure dans l’art européen constituera une forme d’art-thérapie avant l’heure. Elle permettra aux malades de s’identifier aux souffrances du Christ. Sur près de trois siècles elle contribuera à alléger leurs souffrances et à les accompagner sur le chemin de la guérison.

La période suivant la Révolution Française provoqua une catastrophe, liée au manque d’entretien du site : l’incendie de l’église du couvent en 1827. Heureusement le Retable avait été protégé, avant la Révolution, et mis en sécurité à Colmar, il fut donc épargné. Les Jésuites vinrent peu après s’implanter au couvent. Ils ont notamment entrepris la construction de l’actuelle Eglise St Joseph. Victime du « Kulturkampf » de Bismarck, les Jésuites quittèrent le site en 1871.